Samostatný typ
Membránový modul a bioreaktor jsou instalovány samostatně.
Směsná kapalina v bioreaktoru je natlakována cirkulačním čerpadlem a poté čerpána do filtračního konce membránového modulu. Pod tlakem kapalina ve směsné kapalině proniká membránou a stává se upravenou vodou; pevné látky a velké molekuly jsou zadrženy membránou a vráceny do bioreaktoru s koncentrátem.
Integrovaný typ
Membránový modul je umístěn uvnitř bioreaktoru. Napájecí voda vstupuje do membránového-bioreaktoru, kde je většina znečišťujících látek odstraněna aktivovaným kalem ve směsné kapalině a následně je voda odfiltrována membránou pod vnějším tlakem.
Tento typ membránového-bioreaktoru má relativně nízkou spotřebu energie, protože eliminuje systém cirkulace směsného louhu a spoléhá se na filtraci-za pomoci čerpadla; má také kompaktnější půdorys než samostatný typ a v posledních letech mu byla věnována značná pozornost v oblasti úpravy vody. Obecně má však relativně nízký membránový tok, je náchylný k zanášení membrány a po znečištění se obtížně čistí a vyměňuje.
Kompozitní typ
Formou také patří do kategorie integrovaných membránových bioreaktorů. Rozdíl je v tom, že do bioreaktoru se přidává výplňový materiál za vzniku kompozitního membránového bioreaktoru, který mění některé vlastnosti reaktoru.
